Director, productor y guionista de cine. Tras licenciarse en Filosofía por la Universidad de Deusto, comenzó su carrera artística como historietista en los fanzines No, el fanzine maldito y Metacrilato, y en revistas como Trokola, Burdinjaun y La Ría del Ocio. Su debut cinematográfico llegó como director artístico en el cortometraje Mamá (1988), de Pablo Berger, puesto que desempeñó también en Todo por la pasta, de Enrique Urbizu. Su primer cortometraje, Mirindas asesinas (1991), llamó la atención de Pedro Almodóvar, cuya productora, El Deseo, colaboró en su primer largometraje, Acción mutante (1993).
Dos años después llegaría la película que le consagraría como uno de los directores más relevantes del cine español, El día de la Bestia, escrita junto a Jorge Guerricaechevarría, guionista habitual en sus filmes. La cinta obtuvo seis Premios Goya, entre los que destaca el de Mejor Dirección. Posteriormente, el director ha ido alternando producciones ambiciosas destinadas a un público internacional, y otras más apegadas a la tradición española, con toques de esperpento y humor. Balada triste de trompeta (2010) fue galardonada en la 67 edición de la Mostra de Venecia con el premio al Mejor Guión y el León de Plata a la Mejor Dirección.
Sus últimos trabajos son La chispa de la vida (2011), Las brujas de Zugarramurdi (2013), Mi gran noche (2015), El bar (2017) y el remake de la italiana Perfetti sconosciuti, titulada en español Perfectos desconocidos (2017).